A Kormány az egységes migrációs szervezet kialakításának első fázisaként a 162/1999. (XI.19.) Korm. rendelettel önálló központi hivatalként 2000. január 1-jei hatállyal hozta létre a Belügyminisztérium Bevándorlási és Állampolgársági Hivatalt. Az Európai Unióhoz történő csatlakozásra való felkészülés folyamatában a jogharmonizáció és intézményfejlesztés végrehajtása érdekében az Országgyűlés 2001. május 29-én törvényt alkotott a külföldiek beutazásáról és tartózkodásáról, valamint módosította a menedékjogról szóló 1997. évi CXXXIX. törvényt. Ezzel megnyílt a jogi lehetőség az egységes migrációs szervezet országos kiépítésére. A Kormány a Belügyminisztérium Bevándorlási és Állampolgársági Hivatal létrehozásáról szóló 162/1999. (XI.19.) Korm. rendelet módosításával 2002. január 1-jei hatállyal létrehozta a központi hivatal területi szerveit, a regionálisan szervezett igazgatóságokat.
A Hivatal a 2006. június 9-én hatályba lépett Magyar Köztársaság minisztériumainak felsorolásáról szóló 2006. évi LV. törvény értelmében – a Belügyminisztérium megszűnését követően - az Igazságügyi és Rendészeti Minisztérium irányítása alá került.

A Hivatal az egész ország területére kiterjedő illetékességgel látja el:

-a magyar állampolgárságról szóló jogszabályokban a igazságügyi és rendészeti miniszter feladatkörébe utalt állampolgársági feladatokat;
-a hazai anyakönyvezéssel összefüggő feladatokat;
-központi idegenrendészeti hatóságként a jogszabályokban a hatáskörébe utalt idegenrendészeti feladatokat;
-menekültügyi hatóságként a jogszabályokban a hatáskörébe utalt menekültügyi feladatokat.

A Hivatal feladatkörébe tartozik továbbá:

-a nemzetközi szerződésekből adódó migrációs feladatok végrehajtása;
-a migrációs kérdésekkel foglalkozó nemzetközi szervezetekkel, a magyarországi kormányzati és nem kormányzati szervekkel való együttműködés;
-a befogadó állomások, ideiglenes szálláshelyek és a közösségi szállások irányítása és működtetése.

A Hivatal önállóan gazdálkodó költségvetési szerv, költségvetése az Igazságügyi és Rendészeti Minisztérium fejezet költségvetésében elkülönítetten szerepel. A Hivatalt az igazságügyi és rendészeti miniszter irányításával a főigazgató vezeti.

A Hivatal központi és területi – 7 regionális igazgatóság - szervekből áll.